Organizační strukturu CIT tvoří Oddělení infrastruktury IT a Oddělení informačních systémů.

Stěžejními úkoly Oddělení infrastruktury IT jsou správa, provoz a rozvoj zejména počítačové sítě TUONET, centralizované serverové infrastruktury, Superpočítačového centra (SPC) poskytujícího HW a SW podporu výuky, vědy a výzkumu a také správa, provoz a rozvoj celoškolských počítačových učeben.